1.) Unter Konfiguration-Suchmaschinen habe ich bei
Suchmaschinenfreundliche URLs benutzen?
wieder "JA" angeschaltet und gespeichert. (diese Einstellung soll es ja angeblich nicht mehr geben??????? In meiner Version 2.3.3.1, gibt es diese Einstellung aber noch)
Im Handbuch steht schon seit geraumer Zeit:
Verwenden Sie Gambio SEO Boost niemals gleichzeitig mit den Suchmaschinenfreundlichen URLs unter Konfiguration > Suchmaschinen.
Die Funktion Suchmaschinenfreundliche URLs ist veraltet und sollte nicht mehr verwendet werden.
Das hat ja ein Grund warum die das schreiben!

Warum es die Funktion Suchmaschinenfreundliche URLs bei mir und einigen anderen Shops nicht mehr gibt und bei anderen noch angezeigt wird, ist mir allerdings nicht klar!

RewriteBase / brauchst du nur wenn die Domain nicht direkt auf deinen Shop zeigt, sondern z.B. mit www.domain.de/shop/ aufgerufen wird.
Deine Domain zeigt aber nunmal direkt auf den Shop. Deshalb sollte das einfache Kopieren der .htaccess und der Verzicht von RewriteBase / ausreichend sein.
Ich will natürlich nicht abstreiten, dass es bei 1und1 vielleicht Sonderregelungen gibt.
Du musst aber auch berücksichtigen, dass es durchaus einige Minuten dauern kann, bis der Apache die Rules geschluckt hat!
Außerdem muss die .htaccess die notwendigen Rechte besitzen (644 oder 744) und der korrekte Besitzer und Gruppe eingestellt sein.
Auch eine falsche Zeichenkodierung kann die Funktion verhindern.

Letztenendes musst du natürlich selbst entscheiden was du tust.