Zwischen der \includes\classes\order.php aus dem FixPack (aus v2.0.6-v2.0.6h) und der \includes\classes\order.php aus dem Update (aus v2.0.6-v2.0.6h) gibt es keinen Unterschied.
Hier ist dir wohl ein Fehler unterlaufen.

Der Upload-Modus hat nichts mit dem Protokoll zu tun.
Hier geht es darum, ob Dateien als Text oder Binär hochgeladen werden.
Guckst du hier: http://filezilla-client.de/anleitung/transfertyp.html

Wenn du den Modus auf "Automatik" stehen hast, dann prüfe ob der Typ "php" in der Liste steht.

Als Ursache deiner Fehlermeldung kenne ich eigendlich nur eine fehlende oder kaputte order.php
Die Datei kannst du einfach neu hochladen - in der richtigen Version und im richtigen Mode.